มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ประกอบไปด้วย วิทยาลัย ครอบคลุมทั้งระดับปริญญาบัณฑิต มหาบัณฑิต และดุษฎีบัณฑิต ประกอบไปด้วย ส่วนกลางมหาวิทยาลัย หน่วยงานทางด้านวิชาการ และ หน่วยงานระดับสำนัก ดังนี้.

• ส่วนกลาง
• สำนักงานอธิการบดี

• กลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพ
• คณะเภสัชศาสตร์
• วิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข
• คณะพยาบาลศาสตร์

• กลุ่มวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
• คณะวิทยาศาสตร์
• คณะวิศวกรรมศาสตร์
• คณะเกษตรศาสตร์
• คณะศิลปประยุกต์และสถาปัตยกรรมศาสตร์

• กลุ่มมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
• คณะศิลปศาสตร์
• คณะบริหารศาสตร์
• คณะนิติศาสตร์
• คณะรัฐศาสตร์

• หน่วยงานระดับสำนัก
• สำนักคอมพิวเตอร์และเครือข่าย
• สำนักบริหารทรัพย์สินและสิทธิประโยชน์
• สำนักวิทยบริการ